Călugării franciscani au sosit în Estelnic în urmă cu 331 de ani, construind prima mănăstire din lemn lângă capela Sfântul Gheorghe. O grindă inscripționată din clădirea parterului încă mărturisește despre acele vremuri: „Această casă a fost construită cu sprijinul foarte venerabilului domn Betalan Szebelébi, vicar episcopal al Transilvaniei, la 1 octombrie 1690”. Construcția a fost coordonată de P. Nagy János, fratele mai mic al lui Nagy Mózes, fondatorul școlii.
În 1678, protestanții din Trei-Scaune au cerut alungarea franciscanilor din Estelnic, invocând faptul că legile transilvănene permiteau doar mănăstirile de la Șumuleu Ciuc și Mikháza. Kelemen Mikes, căpitanul suprem al Trei-Scaune și protector al franciscanilor, i-a apărat. Mănăstirea de piatră, cu etaj, a fost finalizată în 1750 și a devenit în scurt timp un centru cultural, găzduind un gimnaziu și un internat timp de 50 de ani.
În 1921, pe 23 decembrie, mănăstirea și biserica au ars complet, distrugând toate valorile, inclusiv biblioteca și manuscrisele. S-au făcut planuri pentru o nouă construcție, dar proiectul nu a fost realizat. După incendiu, călugării au părăsit treptat locul, iar terenul a fost folosit de sătenii din Estelnic.
Din vechea mănăstire păstrează mărturie sacristia dublă, care a supraviețuit în forma sa originală. Aceasta servește astăzi drept bucătărie și sală de mese. Printre obiectele salvate se numără un dulap decorativ de sacristie, un altar din secolul al XVII-lea și grinda sculptată menționată anterior. De asemenea, mai stau în picioare peretele nordic al bisericii și zidul de piatră al incintei.